מדברי רבי נתן אנו יכולים ללמוד שבודאי כל תפלה ותפילה שהאדם משיח את ליבו לפני השם יתברך היא יקרה וחשובה מאוד לפניו יתברך, אך כמו בתורה הקדושה שיש בה חילוקים בכוונת הלימוד, כמו כן בתפילה עצמה יש חילוקים, מה הכוונה של התפילות שלו, על מה הוא מתפלל ומה הוא מבקש.
אם האדם מבקש רק ענייני העולם הזה ורק את צרכיו הגשמיים הרי שגם פה יש חילוק, אם הוא עושה זאת רק כדי למלא בטנו ואת תאוותיו ורק כדי שיוטב לו פה בעולם הזה, בלי שום קשר לתכליתו, הרי שתפילה כזאת אם תענה תוכל להזיק לאדם, מכיוון שאם יסופקו צרכיו הוא יוכל לשקוע יותר בתאוותיו ובענייני העולם הזה ועל כן אצל השם יתברך תפילה כזאת אינה טובה לפניו כלל, כי השם יתברך רוצה בטובתנו הנצחית.
אך אם האדם מבקש על צרכיו הגשמיים, כדי שיוכל ללמוד ולקיים את המצוות כאן כבר המעלה היא גבוה יותר, כי הרי הוא מבקש ומתפלל על צרכיו הגשמיים כדי שיוכל לקיים את התורה, אבל עדיין תפילה כזאת היא טפילה אל התורה והתורה הקדושה נמצאת במעלה גבוהה ממנה כי, היא התכלית של כל הדברים שהוא נצרך אליהם.
כאשר האדם מתפלל על צרכי נשמתו ועל קיום התורה, הרי שתפילה כזאת מעלתה שווה לתורה ואפילו גבוהה ממנה, כי "לא המדרש העיקר אלא המעשה". כאשר האדם מתפלל שיזכה לקיים את מה שהוא לומד הרי שהוא מתפלל על התכלית של הלימוד, שהוא תיקון המידות, מעשים טובים ודבקות בהשם יתברך.
על כן, אומר רבינו "התבודדות היא מעלה עליונה וגדולה מן הכל", כי בהתבודדות האדם מחזק את הקשר עם השם יתברך ומיישב דעתו מה התכלית מכל ענייני העולם הזה. ובודאי רבינו לא התכוון שהאדם ישיח את ליבו לפני השם יתברך רק בבקשו"ת על הצרכים הגשמיים שלו, אלא כמובן על הצרכים של הנשמה ועל קיום התורה. כמו כן כאשר הוא מתפלל על מה שהוא נצרך בעולם הזה, יבקש על זה בשביל שיוכל לקיים את התכלית. נמצא שבוודאי לימוד התורה לשמה אין למעלה ממנו, והיא הדרך הסלולה לנו להתקרב להשם יתברך, אבל עיקר הלימוד צריך להביא אותנו לידי תיקון המידות, לאמונה, למעשים טובים ולהתקרב להשם יתברך. ולזה אי אפשר להגיע בלי עזרתו יתברך, ולולי התפילה שמעלה את האדם למדרגות עליונות, כי בלעדי התפילה והשיחה של האדם בינו לבין השם יתברך, הרי שגם ללמוד את התורה באמת לא יוכל, כי "אין האדם נוקף אצבעו מלמטה אם לא מכריזין עליו מלמעלה" וכל מה שהאדם זוכה לו זה בחמלת השם עליו וברחמיו הגדולים ואם כך תפילה כזאת שהאדם מבקש מהשם יתברך עזרה וסיוע לתקן את מידותיו, לעשו"ת מעשים טובים וללמוד תורה ולקיים אותה- מעלתה עליונה וגדולה מן הכל, והיא למעשה מעלה את כל עבודת האדם ולימוד התורה ואף את האדם עצמו למדרגות עליונות וגדולות מאוד.
