"כי עיקר הטהרה מפגם הברית הוא ע"י טהרת המחשבה" כותב רבי נתן בליקוטי הלכות, אורח חיים א', הלכות תפילין ו' "כי כל אדם אפילו אם הוא כמו שהוא צריך לשמור את עצמו לבל תצא מחשבתו חוץ לגבול הקדושה, כי צריך לזכור ולידע שהמחשבה ביד האדם להטותה כרצונו ואל כל אשר יחפוץ יטה אותה.
אפילו אם כבר הורגלה מחשבתו לצאת מחוץ לגבול הקדושה הרבה, אעפ"כ בידו להטותה בכל פעם לדרך הישר, וזה כמו הסוס שיצא מהדרך שיכולין לתופסו ברסן ולהטותו לדרך הישר, כי אי אפשר שיהיו שתי מחשבות יחד במוח בשום אופן באותו זמן, על כן אם יחשוב מחשבה אחרת לטובה, בהכרח שתדחה מחשבתו החיצונה וכל ההרהורין העולים על מוחו. אבל צריך לחזור ולזכור זאת היטב היטב בכל פעם, בכל יום ובכל עת, כי הרבה נלכדו בזה, שבאים למה שבאים ונופלים בחטאים ועוונות מחמת שנדמה להם כאילו אין המחשבה בידם ופוגמים במחשבה ובאים לידי מעשה, ובאמת לא כן היא, כי המחשבה ביד האדם תמיד כנ"ל ובידו להטותה ולשמרה כרצונו".
נמצא שעוצם גדולת וקדושת המחשבה אין לשער ולתאר והיא ממש פועלת נצורות בעולמות העליונים וכמו כן על האדם עצמו, על מעשיו ותיקונו. ועוד שורש העבודה והטהרה של האדם מתחיל במחשבה, כמו שנאמר 'סוף מעשה במחשבה תחילה', כאשר האדם מרבה לחשוב במחשבות טובות וקדושו"ת הרי הוא מטהר את מוחו וליבו וכמו כן משפיע על מידותיו ומעשיו. ולהיפך, כאשר האדם לא נזהר מלשמור את מוחו ממחשבות חיצוניות, הרי בזה הוא מטמטם את מוחו ואת חלל ליבו וע"י זה יכול לבוא למכשולים רבים, אשרי מי שזוכה לאחוז בעבודה קדושה זאת ולעשו"ת מחיצות למוחין הקדושים ולחשוב מחשבות טובות בתורה ועבודה ובענייני הקדושה.
