רבינו מלמד אותנו, שכשהאדם נעתק אפילו כחוט השערה מן הרע אל הטוב הוא הולך פרסאות גדולות בשמיים ויש להשם יתברך שעשועים ונחת רוח גדול מאוד, וזה כמובן נאמר בעיקר על המחשבה, שהאדם נעתק ממחשבה לא טובה למחשבה טובה, הרי זה נראה כחסר חשיבות וכחוט השערה, אבל באמת גודל יקרת המחשבה אין לשער ולתאר והוא פועל נצורות בעולמות העליונים. וזה מה שלפעמים הקב"ה מנסה את האדם ושולח לו מחשבות לא טובות שיתגברו עליו וכאשר האדם מתגבר כנגדם, זה גורם להשם יתברך נחת רוח ושעשועים גדולים.
יותר מזה, עצם זה שהאדם מתגבר על המחשבות הרעות, ע"י שהוא מסיח דעתו מהם וחושב במחשבות טובות, בזה הוא גורם תיקון נפלא ועליית הניצוצות כמו שכותב רבי נתן בליקוטי הלכות, אורח חיים ב' הלכות ברכת הפירות צ': "לפעמים נתעורר האדם אל הקדושה ומתלהב ליבו מאוד להשם יתברך בהשתוקקות נפלאה, ונדמה לו שבודאי יהיה איש כשר ולא ימנעהו שום מונע או מעכב, ותכף אחר זמן מסוים נופל מתשוקתו ומטמטם ליבו ונתבלבל מוחו, ושוכח לגמרי את כל התשוקה הראשונה, כאילו מעולם לא היתה לו תשוקה כלל לעבודת הבורא יתברך. ולפעמים יכול גם להיות שתשוקתו להשם יתברך ולעבודתו נמשכת זמן רב, ואעפ"י כן לאחר מכן נופל מזה ומטמטם ליבו עד ששוכח הכל.
כל זה נמשך מהמוחין הקדושים, שהם עיקר האדם, כי עיקר האדם הוא הדעת והמוח שהם הנשמה והחיות של האדם, וכשנתעורר לאדם איזה חשק דקדושה להשם יתברך ולעבודתו, זה נמשך מהמוחין, מבחינת נועם העליון שנמשך עליו איזו הארה והשפעה משם.
אך תיכף שנמשך עליו השפעת הנועם, נתעוררין החובלים שהם הקושיות התאוות והבלבולים הבאים להיתקן בנועם העליון, וכשאינו זוכה לתקנם, אזי הם פוגמים את המוחין הקדושים שנמשכו עליו, ועל ידי זה הוא שוכח הכל כאילו לא היה לו תשוקה כלל".
מדברי רבי נתן אנחנו רואים בפירוש שעיקר הנפילה והריחוק של האדם מתחיל במחשבה, כאשר באים עליו מחשבות לא טובות והוא אינו זוכה להסיח דעתו מהם, ולהיפך הוא יכול להפוך הכל לטובה, כי כל המחשבות הנ"ל באים לאדם כדי להתתקן וכאשר האדם זוכה לתקנם, הרי הוא זוכה לברר ולהעלות ניצוצות קדושים וזה עיקר התיקון על מה שפגם בפגם הברית, כי עיקר פגם הברית הוא פגם המחשבה וכאשר האדם זוכה לתקן את המחשבות הללו אזי הוא גם זוכה לתיקון ולקדושה.