אורח חיים א – הלכות תפילין הלכה ו – סעיף לב
כי עיקר הטהרה מפגם הברית הוא ע”י טהרת המחשבה, שכל אדם אפילו אם הוא כמו שהוא צריך לשמור את עצמו לבל תצא מחשבתו חוץ לגבול הקדושה, כי צריך לזכור ולידע שהמחשבה ביד האדם להטותה כרצונו ואל כל אשר יחפוץ יטה אותה. ואפילו אם כבר הורגלה מחשבתו לצאת לחוץ הרבה, אף על פי כן בידו להטותה בכל פעם לדרך הישר והוא כמו סוס שיצא מהדרך שיכולין לתופסו ברסן ולהטותו לדרך הישר. כי אי אפשר שיהיו שני מחשבות יחד בשום אופן ועל כן אם יחשוב מחשבה אחרת לטובה בהכרח שתדחה מחשבתו החיצונה וכל ההרהורין. אבל צריך לחזור זאת ולזכור זאת היטב היטב בכל פעם בכל יום ובכל עת, כי הרבה נלכדו בזה שבאים למה שבאים מחמת שנדמה להם כאילו אין המחשבה בידם. ובאמת לא כן הוא כי המחשבה ביד האדם תמיד כנ”ל. וזה מרמז מצות ספירת העומר שהוא לטהר המחשבה שבמוח מפגם הברית ולהמשיך על עצמו קדושת הדעת. כי צריכין להביא עומר שעורים דוקא שהוא מאכל בהמה שהוא בחינת כח המדמה שמשם כל הבלבולים וכל ההרהורים והדמיונות ועל ידי מצות עומר שעורים מבררין המדמה ונמשך על האדם קדושה. כי העומר הוא בחינת גבול ומידה שצריכין לידע שהמוח יש לו מדה וגבול ואין יכול להכנס בו יותר ממחשבה אחת בשום אופן כי באמת אפילו בתוקף בלבול המדמה אפשר לבררו בקל בשם ואל תעשה או שיחשוב מחשבה אחרת.
כי עיקר הטהרה הוא ע”י ששמורין את המוח כחוט השערה בחינת שעורים לבל יצא חוץ לגבול ואפילו אם יצא כבר כמו שיצא בקל יכולין להחזירו ע”י חוט השערה דהיינו ששומרין מעתה להתחיל לחשוב מחשבה אחרת. וזה ספירת העומר שסופרין הימים כי הימים הם החיות של האדם ועיקר החיות הוא החכמה שבמוח כמו שנאמר “החכמה תחיה וכו'” על כן צריכין לספור הימים לעומר, לידע שהיום שהוא החיות שהוא החכמה שבמוח שמשם כל המחשבות הם בחינת עומר ומידה בחינת עומר שעורים שאין שני שערות שהם שני מחשבות יכולין לכנוס בפעם אחת.